A atuação da Profide se dá de três formas principais. O programa Pai Legal nas Escolas convoca mães cujos filhos, matriculados na rede de ensino público, não possuem o nome do pai na certidão de nascimento. Essas mães são chamadas para que forneçam dados sobre o suposto pai da criança.
Já o programa Identidade Legal é uma parceria com a Secretaria de Segurança Pública e atende crianças e jovens que, ao solicitar a expedição de sua primeira carteira de identidade, não possuem registro paterno. Os cartórios de registro civil do DF também enviam regularmente à Promotoria informações sobre crianças registradas sem o nome do pai.
Além dessas iniciativas, a Profide atende diretamente na sede do Ministério Público do DF. Para abrir um procedimento administrativo paras regularização de paternidade, basta que a mãe traga o maior número possível de informações sobre o suposto pai, mesmo nos casos em que o requerido seja falecido, esteja preso ou resida fora do Distrito Federal.